Η μόλυνση της ισο-μεθακινόνης μπορεί να συμβεί κατά τη σύνθεση της μεθακινόνης ή συναφών ενώσεων, όπως η 4-MMC (μεφεδρόνη) και η 4-CMC (ανάλογα της μεφεδρόνης). Η ισο-μεθκαθηνόνη είναι ένα δομικό ισομερές της μεθκαθηνόνης που έχει παρόμοιες ψυχοδραστικές επιδράσεις, αλλά είναι λιγότερο επιθυμητό λόγω της χαμηλότερης δραστικότητας και των αυξημένων παρενεργειών του.
Ένας λόγος για την επιμόλυνση της ισο-μεθκαθηνόνης είναι η χρήση ακάθαρτων ή χαμηλής ποιότητας αρχικών υλικών. Μια άλλη πιθανή αιτία είναι η χρήση ακατάλληλων συνθηκών αντίδρασης, όπως η χρήση υπερβολικής θερμότητας ή πολύ μεγάλων χρόνων αντίδρασης, οι οποίοι μπορεί να προκαλέσουν αντιδράσεις ισομερισμού.
Για να αποφευχθεί η επιμόλυνση της ισο-μεθκαθηνόνης κατά τη σύνθεση, είναι σημαντικό να χρησιμοποιούνται υψηλής ποιότητας αρχικά υλικά και να ελέγχονται προσεκτικά οι συνθήκες αντίδρασης. Αυτό μπορεί να περιλαμβάνει τη χρήση αναλυτικών τεχνικών όπως η TLC ή η HPLC για την παρακολούθηση της προόδου της αντίδρασης και τη διασφάλιση ότι παράγεται το επιθυμητό προϊόν.
Εάν προκύψει επιμόλυνση της ισο-μεθκαθηνόνης, υπάρχουν διάφοροι τρόποι για την απομάκρυνσή της από το τελικό προϊόν. Μια μέθοδος είναι ο καθαρισμός του προϊόντος με τη χρήση χρωματογραφίας, η οποία μπορεί να διαχωρίσει τα ισομερή με βάση τις διαφορετικές φυσικές και χημικές ιδιότητές τους. Μια άλλη μέθοδος είναι η ανακρυστάλλωση, η οποία περιλαμβάνει τη διάλυση του προϊόντος σε διαλύτη και στη συνέχεια την αργή ψύξη και τον σχηματισμό κρυστάλλων, που μπορούν να διαχωρίσουν τα ισομερή με βάση τις διαφορετικές διαλυτότητές τους.