Η πρωτονιταζίνη και η φαιντανύλη είναι και τα δύο ισχυρά συνθετικά οπιοειδή, αλλά διαφέρουν ως προς τη χημική τους δομή, τη δραστικότητα και ενδεχομένως τις επιδράσεις τους. Η φαιντανύλη ανήκει στην κατηγορία των οπιοειδών φαινυλοπιπεριδίνης. Η χημική της δομή χαρακτηρίζεται από έναν δακτύλιο πιπεριδίνης συνδεδεμένο με μια φαινυλομάδα. Η πρωτονιταζίνη είναι μέλος της κατηγορίας των βενζιμιδαζολικών οπιοειδών. Η δομή της περιλαμβάνει έναν δακτύλιο βενζιμιδαζολίου, ο οποίος διαφέρει από τη δομή φαινυλοπιπεριδίνης της φαιντανύλης.
Η φαιντανύλη είναι περίπου 50 έως 100 φορές πιο ισχυρή από τη μορφίνη. Αυτή η υψηλή δραστικότητα συμβάλλει στην αποτελεσματικότητά της στη διαχείριση του πόνου, αλλά και στον κίνδυνο υπερδοσολογίας. Η πρωτονιταζίνη αναφέρεται ότι είναι ακόμη πιο ισχυρή από τη φαιντανύλη. Οι πρώτες μελέτες και οι ανεπίσημες αναφορές υποδηλώνουν ότι μπορεί να είναι αρκετές φορές πιο ισχυρή, αλλά οι ακριβείς συγκρίσεις μπορεί να ποικίλλουν.
Τόσο η φαιντανύλη όσο και η πρωτονιταζίνη είναι ισχυρά αναλγητικά του πόνου λόγω της δράσης τους στους mu-οπιοειδείς υποδοχείς στον εγκέφαλο. Και τα δύο φάρμακα μπορούν να προκαλέσουν ευφορία, γεγονός που συμβάλλει στην πιθανότητα κατάχρησης τους. Η ένταση της ευφορίας μπορεί να είναι παρόμοια, αν και οι ατομικές εμπειρίες μπορεί να διαφέρουν. Λόγω της υψηλότερης δραστικότητάς της, η πρωτονιταζίνη ενδέχεται να προκαλέσει ισχυρότερη ή ταχύτερη ευφορία. Και τα δύο οπιοειδή καταστέλλουν σημαντικά την αναπνευστική λειτουργία, γεγονός που αποτελεί σημαντικό παράγοντα κινδύνου για θανατηφόρα υπερδοσολογία. Η υψηλότερη δραστικότητα της πρωτονιταζίνης αυξάνει αυτόν τον κίνδυνο.
Η φεντανύλη έχει ταχεία έναρξη και σύντομη διάρκεια δράσης. Το φαρμακοκινητικό προφίλ της πρωτονιταζίνης είναι λιγότερο καλά τεκμηριωμένο, αλλά μπορεί να έχει παρόμοια ή ακόμη ταχύτερη έναρξη με δυνητικά μεγαλύτερη διάρκεια λόγω της ισχύος της.
Ενώ η πρωτονιταζένη και η φαιντανύλη μοιράζονται πολλές ομοιότητες, η πρωτονιταζένη είναι δυνητικά πιο ισχυρή και συνεπώς ενέχει μεγαλύτερο κίνδυνο υπερδοσολογίας. Οι διαφορετικές χημικές δομές τους σημαίνουν επίσης ότι μπορεί να έχουν ελαφρώς διαφορετικό φαρμακολογικό προφίλ και προφίλ παρενεργειών.