Isometkatinooni saastumine võib tekkida metkatinooni või sellega seotud ühendite, näiteks 4-MMC (mefedroon) ja 4-CMC (mefedrooni analoogid) sünteesi käigus. Iso-metkatinoon on metkatinooni struktuuriline isomeer, millel on sarnane psühhoaktiivne toime, kuid mis on vähem soovitav väiksema toime ja suuremate kõrvaltoimete tõttu.
Üheks isometkatinooni saastumise põhjuseks on ebapuhaste või madala kvaliteediga lähtematerjalide kasutamine. Teine võimalik põhjus on ebapiisavate reaktsioonitingimuste kasutamine, näiteks liigse kuumuse või liiga pika reaktsiooniaja kasutamine, mis võib põhjustada isomeerumisreaktsioone.
Et vältida isometkatinooni saastumist sünteesi käigus, on oluline kasutada kvaliteetseid lähteaineid ja kontrollida hoolikalt reaktsioonitingimusi. See võib hõlmata analüütiliste meetodite, näiteks TLC või HPLC kasutamist, et jälgida reaktsiooni kulgu ja tagada, et tekib soovitud toode.
Kui isometkatinooni saastumine siiski toimub, on mitmeid viise selle eemaldamiseks lõpptootest. Üks meetod on toote puhastamine kromatograafia abil, mis võimaldab isomeere eraldada nende erinevate füüsikaliste ja keemiliste omaduste alusel. Teine meetod on kasutada ümberkristalliseerimist, mis hõlmab toote lahustamist lahustis ja seejärel selle aeglast jahtumist ning kristallide moodustamist, mis võimaldab eraldada isomeerid nende erinevate lahustuvuste alusel.