Prootonitaseen ja fentanüül on mõlemad tugevad sünteetilised opioidid, kuid nad erinevad oma keemilise struktuuri, tugevuse ja potentsiaalse toime poolest. Fentanüül kuulub fenüülpiperidiin-opioidide klassi. Selle keemilist struktuuri iseloomustab fenüülrühmaga ühendatud piperidiinirõngas. Protonitaseen kuulub bensimidasoolide opioidide klassi. Selle struktuur sisaldab bensimidasooli rõngast, mis erineb fentanüüli fenüülpiperidiinistruktuurist.
Fentanüül on ligikaudu 50 kuni 100 korda tugevam kui morfiin. See suur tugevus aitab kaasa selle tõhususele valuravis, kuid ka üleannustamise ohule. Protonitaseen on väidetavalt isegi tugevam kui fentanüül. Varasemad uuringud ja anekdootlikud teated viitavad sellele, et see võib olla mitu korda tugevam, kuid täpsed võrdlused võivad erineda.
Nii fentanüül kui ka protonitaseen on võimsad valuvaigistid tänu nende toimele aju mu-opioidiretseptoritele. Mõlemad ravimid võivad esile kutsuda eufooriat, mis aitab kaasa nende kuritarvitamise potentsiaalile. Eufooria intensiivsus võib olla sarnane, kuigi individuaalsed kogemused võivad erineda. Suurema toime tõttu võib protonitaseen esile kutsuda tugevamat või kiiremat eufooriat. Mõlemad opioidid pärsivad märkimisväärselt hingamisfunktsiooni, mis on peamine riskifaktor surmaga lõppeva üleannustamise jaoks. Protonitaseeni suurem tugevus suurendab seda riski.
Fentanüülil on kiire toime algus ja lühike toime kestus. Protonitaseeni farmakokineetiline profiil on vähem dokumenteeritud, kuid selle toimeaeg võib olla sarnane või isegi kiirem ja potentsiaalselt pikema kestusega oma tugevuse tõttu.
Kuigi protonitaseenil ja fentanüülil on palju sarnaseid omadusi, on protonitaseen potentsiaalselt tugevam ja kujutab seega endast suuremat üleannustamise ohtu. Nende erinev keemiline struktuur tähendab ka seda, et nende farmakoloogilised profiilid ja kõrvaltoimete profiilid võivad olla veidi erinevad.