Iso-metkatinonin kontaminaatiota voi esiintyä metkatinonin tai siihen liittyvien yhdisteiden, kuten 4-MMC:n (mefedroni) ja 4-CMC:n (mefedronianalogit) synteesin aikana. Iso-metkatinoni on metkatinonin rakenteellinen isomeeri, jolla on samanlaisia psykoaktiivisia vaikutuksia, mutta joka on vähemmän toivottava sen alhaisemman tehon ja lisääntyneiden sivuvaikutusten vuoksi.
Yksi syy iso-metkatinonin saastumiseen on epäpuhtaiden tai huonolaatuisten lähtöaineiden käyttö. Toinen mahdollinen syy on riittämättömien reaktio-olosuhteiden käyttö, kuten liiallinen kuumuus tai liian pitkät reaktioajat, jotka voivat aiheuttaa isomerisaatioreaktioita.
Isometkatinonin kontaminaation välttämiseksi synteesin aikana on tärkeää käyttää korkealaatuisia lähtöaineita ja valvoa reaktio-olosuhteita huolellisesti. Tähän voi kuulua analyyttisten tekniikoiden, kuten TLC:n tai HPLC:n, käyttö reaktion etenemisen seuraamiseksi ja sen varmistamiseksi, että haluttua tuotetta tuotetaan.
Jos iso-metkatinonin kontaminaatiota esiintyy, on olemassa useita tapoja poistaa se lopputuotteesta. Yksi menetelmä on puhdistaa tuote kromatografialla, jolla isomeerit voidaan erottaa toisistaan niiden erilaisten fysikaalisten ja kemiallisten ominaisuuksien perusteella. Toinen menetelmä on uudelleenkiteyttäminen, jossa tuote liuotetaan liuottimeen ja annetaan sen sitten jäähtyä hitaasti ja muodostaa kiteitä, jolloin isomeerit voidaan erottaa toisistaan niiden erilaisten liukoisuuksien perusteella.