Protonitaseeni ja fentanyyli ovat molemmat voimakkaita synteettisiä opioideja, mutta ne eroavat toisistaan kemiallisessa rakenteessaan, tehossaan ja mahdollisesti vaikutuksissaan. Fentanyyli kuuluu fenyylipiperidiinioidien luokkaan. Sen kemialliselle rakenteelle on ominaista fenyyliryhmään yhdistetty piperidiinirengas. Protonitatsoli kuuluu bentsimidatsoliopioidien luokkaan. Sen rakenteeseen kuuluu bentsimidatsolirengas, joka eroaa fentanyylin fenyylipiperidiinirakenteesta.
Fentanyyli on noin 50-100 kertaa voimakkaampi kuin morfiini. Tämä suuri teho lisää sen tehokkuutta kivunhoidossa mutta myös yliannostuksen riskiä. Protonitaseenin on raportoitu olevan jopa voimakkaampi kuin fentanyylin. Varhaiset tutkimukset ja satunnaiset raportit viittaavat siihen, että se voi olla useita kertoja voimakkaampi, mutta tarkat vertailut voivat vaihdella.
Sekä fentanyyli että protonitaseeni ovat voimakkaita kipulääkkeitä, koska ne vaikuttavat aivojen mu-opioidireseptoreihin. Molemmat lääkkeet voivat aiheuttaa euforiaa, mikä lisää niiden väärinkäyttöpotentiaalia. Euforian voimakkuus saattaa olla samankaltainen, vaikka yksilölliset kokemukset voivat vaihdella. Suuremman tehonsa vuoksi protonitaseeni saattaa aiheuttaa voimakkaampaa tai nopeampaa euforiaa. Molemmat opioidit heikentävät merkittävästi hengitystoimintaa, mikä on merkittävä riskitekijä kuolemaan johtavan yliannostuksen kannalta. Protonitaseenin suurempi teho lisää tätä riskiä.
Fentanyylin vaikutus alkaa nopeasti ja sen vaikutusaika on lyhyt. Protonitatseenin farmakokineettistä profiilia ei ole yhtä hyvin dokumentoitu, mutta sen tehon vuoksi sen vaikutus saattaa alkaa samalla tavalla tai jopa nopeammin ja kestää mahdollisesti pidempään.
Vaikka protonitaseenilla ja fentanyylillä on monia yhtäläisyyksiä, protonitaseeni on potentiaalisesti voimakkaampi ja aiheuttaa siten suuremman yliannostusriskin. Niiden erilaiset kemialliset rakenteet merkitsevät myös sitä, että niiden farmakologiset profiilit ja haittavaikutusprofiilit voivat olla hieman erilaiset.