Az izo-metkatinon-szennyeződés előfordulhat a metkatinon vagy a rokon vegyületek, például a 4-MMC (mefedron) és a 4-CMC (mefedron-analógok) szintézise során. Az izo-metkatinon a metkatinon szerkezeti izomerje, amely hasonló pszichoaktív hatással rendelkezik, de alacsonyabb hatékonysága és fokozott mellékhatásai miatt kevésbé kívánatos.
Az izo-metkatinon-szennyezés egyik oka a tisztátalan vagy rossz minőségű kiindulási anyagok használata. Egy másik lehetséges ok a nem megfelelő reakciókörülmények alkalmazása, például túlzott hő vagy túl hosszú reakcióidő alkalmazása, ami izomerizációs reakciókat okozhat.
A szintézis során az izo-metkatinon szennyeződés elkerülése érdekében elengedhetetlen a jó minőségű kiindulási anyagok használata és a reakciókörülmények gondos ellenőrzése. Ez magában foglalhatja az analitikai technikák, például a TLC vagy a HPLC alkalmazását a reakció előrehaladásának nyomon követésére és annak biztosítására, hogy a kívánt termék keletkezzen.
Ha az izo-metkatinon szennyeződés mégis előfordul, többféle módon is eltávolítható a végtermékből. Az egyik módszer a termék tisztítása kromatográfiával, amely képes az izomereket különböző fizikai és kémiai tulajdonságaik alapján elválasztani. Egy másik módszer az átkristályosítás, amelynek során a terméket oldószerben feloldják, majd hagyják lassan lehűlni és kristályokat képezni, ami az izomereket különböző oldhatóságuk alapján szétválasztja.