Protonitazen in fentanil sta močna sintetična opioida, vendar se razlikujeta po svoji kemijski strukturi, moči in potencialno tudi učinkih. Fentanil spada v skupino fenilpiperidinskih opioidov. Za njegovo kemijsko strukturo je značilen piperidinski obroč, povezan s fenilno skupino. Protonitazen je član razreda benzimidazolovih opioidov. Njegova struktura vključuje benzimidazolni obroč, ki se razlikuje od fenilpiperidinske strukture fentanila.
Fentanil je približno 50- do 100-krat močnejši od morfija. Ta velika moč prispeva k njegovi učinkovitosti pri obvladovanju bolečine, vendar tudi k tveganju prevelikega odmerjanja. Protonitazen naj bi bil še močnejši od fentanila. Prve študije in neuradna poročila kažejo, da bi lahko bil nekajkrat močnejši, vendar se natančne primerjave lahko razlikujejo.
Tako fentanil kot protonitazen sta močna protibolečinska zdravila zaradi delovanja na mu-opioidne receptorje v možganih. Obe zdravili lahko povzročita evforijo, kar prispeva k njuni potencialni zlorabi. Intenzivnost evforije je lahko podobna, čeprav se lahko posamezne izkušnje razlikujejo. Protonitazen lahko zaradi večje moči povzroči močnejšo ali hitrejšo evforijo. Oba opioida znatno zavirata delovanje dihal, kar je glavni dejavnik tveganja za prevelik odmerek s smrtnim izidom. Zaradi večje jakosti protonitazena se to tveganje poveča.
Fentanil ima hiter začetek in kratko trajanje delovanja. Farmakokinetični profil protonitazena je slabše dokumentiran, vendar ima lahko zaradi svoje moči podoben ali celo hitrejši začetek in potencialno daljše trajanje.
Čeprav imata protonitazen in fentanil veliko podobnosti, je protonitazen potencialno močnejši in zato predstavlja večje tveganje za prevelik odmerek. Njuna različna kemijska struktura tudi pomeni, da imata lahko nekoliko drugačne farmakološke profile in profile neželenih učinkov.